1998 m. Trišalėje taryboje buvo konstatuota, kad dažnai Tarybos posėdžiams teikiami svarstymui neparengti, prieš posėdžius socialinių partnerių neįvertinti projektai. Todėl buvo nutarta steigti nuolatines Trišalės tarybos komisijas, kurios nagrinėtų šalių pasiūlymus, įstatymų projektus ir teiktų savo išvadas bei pasiūlymus Trišalei tarybai jų kompetencijai priskirtais klausimais. Nuolatinių komisijų darbe dalyvauja beveik 50 socialinių partnerių atstovų.

Šiuo metu prie Trišalės tarybos veikia keturios nuolatinės komisijos:

• Darbo apmokėjimo nuolatinė komisija
• Darbo santykių nuolatinė komisija 
• Užimtumo ir socialinių garantijų nuolatinė komisija
• Trišalių konsultacijų tarptautinėms darbo normoms įgyvendinti nuolatinė komisija.